Oltre un terzo dell’area del Parco è ricoperta da boschi; queste zone hanno subito notevoli cambiamenti con il passare dei secoli, le selve infatti che dominavano l’intera pianura hanno pian piano lasciato il posto a radure adibite ad agricoltura o sono state convertite intorno al XVI secolo in pinete.

Fasce di  Pino marittimo (Pinus pinaster) delimitano la costa  poiché più resistenti ai venti marini, mentre il Pino domestico (Pinus pinea) ha ormai colonizzato le Tenuta del Parco cambiandone la morfologia; fu la famigli Medici a dare inizio a questa nuova attività economica, sfruttando poi le pinete per la raccolta del legname, la raccolta dei pinoli, la raccolta della resina e della corteccia (scorza). Le pinete venivano e ancor oggi vengono seminate, spesso insieme a ghiande di leccio (Quercus ilex) per poi essere ciclicamente diradate e potate; la longevità delle pinete si aggira intorno ai 100 anni e raggiunge il massimo della produttività intorno ai 40 anni; il pino ha una importante collocazione economica, infatti il legname realizzato da tagli rasi, stramazzi e potature viene commercializzato e usato oltre che per cellulosa, per la realizzazione di cassette da imballaggio, pallets e tavolate per cantieristica. Il sottobosco delle pinete a causa dell’acidità del terreno non è molto vario, in queste aree prevalgono specie arboree come l’erica (stipa) (Erica scoparia ) e (Erica arborea ),  il lillatro (Phillyrea angustifolia), il mirto (Myrtus communis),  il lentisco (Pistacia lentiscus) e l’asparago selvatico (Asparagus acutifolius).

Le pinete del Parco, in particolare Marina di Pisa e San Rossore sono passate alla storia anche per i famosi passi nell’Alcyone di Gabriele D’Annunzio che soggiornò in questi luoghi nei primi anni del ‘900.

Le aree adibite a pineta di solito occupano fasce dunali parallele al mare e si alternano a zone più umide interdunali  (lame) caratterizzate da  un bosco mesofilo con varie tonalità di verde e composto da caducifoglie quali la maestosa farnia (Quercus robur), il frassino (Fraxinus oxycarpa), l’olmo (Ulmus minor) e il pioppo bianco (Populus alba) da queste parti chiamato Gattice; il pioppo viene infine coltivato e nelle aree agricole più umide troviamo spesso piantagioni di vari tipi o cloni di questa pianta.

Molto più vario in questo caso il sottobosco che con specie arboree come il pungitopo (Cuscus aculeatus) e lo stracciabrache (Smilax aspera) trovano spazio piante più consistenti come il biancospino (Crataegus monogyna), il prugnolo (Prunus spinosa), la berretta di prete (Euonimus europaeus) e l’edera Hedera helix) che spesso avvolge alberi di primaria grandezza quasi a soffocarli.